Прошло два года с тех пор, как команда супербойцов под предводительством Клауда Страйфа спасла мир от кошмарного злодея Сефирота. Настал мир, и могучий Клауд удалился от дел, поселившись в сиротском приюте, чтобы среди детей забыть о кровавых битвах прошлого. Но покой ему только снится: жителей планеты начинает поражать странная болезнь, а в...

2065 год. На Землю напали монстры-фантомы из космоса, которым невозможно противостоять. Полупрозрачные чудовища, более похожие на галлюцинации, уже истребили большую часть человечества, и скоро их господство над планетой станет абсолютным. Судьба мира находится в руках горстки смельчаков — ученой Аки Росс, доктора Сиди и техноспецназовца капитана...