Главный герой – покемон Мьюту, созданный в секретной лаборатории для уничтожения человечества. Узнав об этой миссии, он восстаёт против своих создателей....

2065 год. На Землю напали монстры-фантомы из космоса, которым невозможно противостоять. Полупрозрачные чудовища, более похожие на галлюцинации, уже истребили большую часть человечества, и скоро их господство над планетой станет абсолютным. Судьба мира находится в руках горстки смельчаков — ученой Аки Росс, доктора Сиди и техноспецназовца капитана...