После стычки с магами и ситуации с драгоценными семенами прошло время. Школьница младших классов Наноха продолжает жить обычной жизнью и мечтает снова встретиться со своей подругой Фэйт. Но вскоре Наноха получает предупреждение, что на неё будет совершено нападение....

За 20 лет до начала истории астероид, направлявшийся на Землю, разрушает Плутон. Позднее этот астероид назовут Танатос. Из-за столкновения с Плутоном астероид был приостановлен. Так или иначе, чтобы избежать разрушения Земли, организация МАИСС (Международное Агентство Изучения Солнечной Системы) работает над проектом «Д» и, после нахождения яйца...