В этом фильме Марио и Луиджи — владельцы продуктового магазина. Однажды ночью Марио попадает в видеоигру. Внезапно на экране телевизора появляется Принцесса Персик которая зовёт на помощь, отбиваясь от врагов, и выпрыгивает из пластиковой коробки. Марио тут же влюбляется в нее и обещает защитить Принцессу. Однако, не успевает наш герой договорить...

Спустя 31 год после Третьей мировой войны и ядерной бомбардировки столицы Японии, воссоздан новый город - Нью-Токио. Внешне все под контролем, однако страна теперь напоминает профашистское государство, жесточайшим образом подавляющее попытки мятежа. В исследовательских центрах проводятся парапсихологические опыты над людьми для разработки...