Август 1945 года. В переоборудованной теологической семинарии на окраине Нагасаки работает молодой врач, оказывая помощь пациентам. В это время приходят тревожные новости о новом оружии, применённом американцами в городе Хиросима. Когда вторая ядерная бомба была сброшена на Нагасаки, персонал больницы продолжал работать, спасая жизни людей....

Однажды одним безмятежным утром рядом с домом доктора Блэк Джека приземляется военный истребитель с семьёй из трёх человек на своём борту. Отчаянные родители надеются, что Блэк Джек сможет спасти их сына, от которого уже отказались врачи. Но существуют болезни, находящиеся за пределами даже его возможностей....